据报道，由于环境拥挤、卫生条件恶劣加上天气湿热，传染病在逃离家园的灾民中迅速蔓延。目前雅加达３０余万灾民中有约４万人染病，其中许多是老人和儿童。

雅加达市政当局６日在各城区为灾民搭建了６个大型避难所，提供卫生和医疗服务，政府派遣３２００名医护人员救治患病者，并向灾民分发了总计１２吨的药品。包括华人社团在内的一些民间组织也自发开展赈灾活动。

水灾也导致雅加达及周边地区大量经济活动陷于停顿。据印尼官方初步估计，水灾造成的财产和经济损失已达４.１万亿印尼盾（约合４.６亿美元）。